种籽在收获、晾晒、包装、运输、贮藏中，难免会混进沙石、泥土、茎叶和其他杂物。除杂提高油的品质和出油率，减轻设备磨损、提高产量和降低能耗。
二、种籽剥壳及仁壳分离
种籽剥壳在于提高出油率，减少油分损失，提高油质和饼粕质量，充分发挥制油设备的生产能力，减少设备的磨损和维修费用，降低生产用电力消耗，并有利于皮壳的综合利用。
三、霉变籽仁清除
种籽在收获、晾晒、存放期间，难免因天气和存放不当致使一些种籽发霉变质，清除霉变籽仁，以提高油的品质。牡丹籽仁是自然白色，只有剥壳后才能看出变质籽仁。变质籽仁只能用人工去拣，拣净率要求≥99%。
四、炒料
炒料可起到凝聚油脂，调整料结构，改善油质品质，提高产量，降低动力消耗。
五、压榨制油
制油采用螺旋榨油机。榨油全过程不涉及任何化学添加剂，确保油品安全、卫生、无污染，天然营养不受破坏。
牡丹籽油的精炼工艺
一、脱胶水化
毛油中的胶性杂质，以磷为主。磷脂等胶状物的存在，不仅降低油的品质，而且在碱炼脱酸工序中能促使油脂与碱液之间产生过渡的乳化作用，增加皂角的分离难度，加重中性油的损失，因此应先行去除干净。
二、牡丹籽油脱酸
油脂脱酸主要是除去毛油中的游离脂肪酸，以及油中的少量胶质、色素和微量金属物质。脱酸操作是直接影响油脂精炼得油率和品质的重要因素之一。工业生产上应用最广泛的是碱炼脱酸法。
三、牡丹籽油脱色
油的色泽和其他一些杂质，要经过脱色才能达到产品质量标准。同时为脱臭、精炼提供更有利条件。脱色要达到产品最终要求色泽指标；去除相关色素及数量金属；进一步去除油脂中残存的微量皂角，磷脂等胶质类杂质及某些异味物质；除去多环芳烃和残留农药；降低油质过氧化值。
四、脱臭
油质脱臭的目的，在于除去油中引起异味的物质，及易于挥发的其他物质，改善油的气味和色泽，提高油质的稳定性。油脂特有的气味、脱色中产生的异味，油脂氧化产生的蛤臭味等。在脱臭阶段，要求将这些不受人们喜爱的异味，在真空高温直接喷入蒸气蒸馏除去。
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