水泥窑采用或部分采用代用燃料，同样存在上述危害，同时还影响到火焰的强度、力度和形状，进而影响到窑内各带的分布、影响到熟料质量、影响到耐火材料的使用。根据欧洲一些厂家的使用经验，需要注意以下几点变化，这些变化都对耐火材料构成了伤害：
有害成分的提高会增大液相量、降低液相粘度，造成窑皮的不稳定，窑皮的反复挂掉导致砖的频繁热震，加剧了有害成分对砖的渗透、被渗透部分的强度下降，最终剥落掉。对原料中MgO含量高的厂家影响更大；
代用燃料的燃尽时间一般较长，不充分的燃烧会增加CO，加重结皮、结圈、结蛋和黄心料的产生。燃尽时间长导致火焰长、烧成带变长。通常烧成带长度是窑径的8倍左右，替代燃料可能使烧成带加长到窑径的9~10倍；
替代燃料也遵循磨得越细燃尽时间越短、着火点越低的规律。德国某厂的经验，当挥发份在30%左右时，90um筛余需控制到20%左右；
不同的代用燃料具有不同的燃烧特性，一般不宜混合使用。混合使用燃烧特性差别大的代用燃料，会出现几段窑皮的现象；
碱性砖比非碱性砖更耐碱浸蚀，也可回避CaO对非碱性砖内AL-、Si- 的交代置换。