食品杀菌就是以食品原料、产品加工为对象，通过对引起食品变质的主要因素---微生物的杀菌及灭菌，达到食品品质的稳定化，有效延长食品的保质期，并因此降低食品中有害细菌对人体的感染及伤害。
食品杀菌设备是任何食品加工企业必备的设备之一。目前食品杀菌设备分类为微波杀菌设备、巴氏杀菌、高温高压杀菌锅（水浴式）、紫外线杀菌、臭氧杀菌等等。
微波食品杀菌设备是通过微波热效应和非热效应共同作用的结果。微波杀菌设备的热效应主要起快速升温杀菌作用：而非热效应则使用微生物体内蛋白质和生理活性物质发生变异，而丧失活力或死亡。因此，微波食品杀菌机的杀菌温度较低于常规方法，常规方法杀菌温度要在120度以上，时间要在十几分钟至几十分钟，而微波杀菌温度仅在70至90度，时间约为几分钟。
通过微波杀菌处理后的食品的保质期可延长3~8倍，不破坏原有的营养成份、色泽、口感和天然风味。与其它干燥、杀菌、解冻设备相比，可缩小占地面积、降低能耗30%~100%。而且不生产“三废”污染。
微波食品杀菌机还可应用于对其它食品的杀菌处理，例如：瓶装食品、真空包装食品、熟食杀菌机、卤肉、粉状食品、营养粉、芝麻糊、藕粉、调味食品、豆腐乳、辣椒酱、甜面酱、罐头食品、罐头饮料等等。