1、结垢污很厚或管道被堵死时，此方法根本不能清洗。因为化学试剂有效作用时间内只能清洗薄薄一层，结垢污很厚时就不能完全清洗掉，特别是当管子堵死时，化学试剂不能进入，根本无法清洗。
2、化学试剂对被清洗对象有腐蚀作用。管道或容器中的结垢物由于受环境位置、温度、粗糙度、坚硬度、介质浓度等因素的影响，对化学药剂的浓度要求不同，通常浓度越高垢物溶化率越高，同时对被清洗对象的腐蚀越大。尽管加入缓蚀剂，也只能相对减少腐蚀程度。
3、污染环境化学清洗后的酸碱废液的排放，势必严重污染环境，理所当然清洗之前必须考虑是否符合国家规定的排放标准，否则将遭重罚。
4、清洗费用大、成本高化学清洗需要大量的盐（硫、硝）酸，还需加入缓蚀剂、磷酸锰、乙醇等辅料。有些管道、锅炉直径大、尺寸长、容量大，所需化学药剂数量多的惊人。同时化学反应完成后的冲洗要消耗大量的水。
2、化学试剂对被清洗对象有腐蚀作用。管道或容器中的结垢物由于受环境位置、温度、粗糙度、坚硬度、介质浓度等因素的影响，对化学药剂的浓度要求不同，通常浓度越高垢物溶化率越高，同时对被清洗对象的腐蚀越大。尽管加入缓蚀剂，也只能相对减少腐蚀程度。
3、污染环境化学清洗后的酸碱废液的排放，势必严重污染环境，理所当然清洗之前必须考虑是否符合国家规定的排放标准，否则将遭重罚。
4、清洗费用大、成本高化学清洗需要大量的盐（硫、硝）酸，还需加入缓蚀剂、磷酸锰、乙醇等辅料。有些管道、锅炉直径大、尺寸长、容量大，所需化学药剂数量多的惊人。同时化学反应完成后的冲洗要消耗大量的水。